Oneglia ha le sue origini sulla collina di Castelvecchio, che sovrasta il torrente Impero, dove sorge la chiesa di Santa Maria Maggiore e si intravedono ancora i resti di una torre del castello.
La Ripa Uneliae era un borgo di pescatori in riva al mare, probabilmente nella zona dell'attuale Borgo Peri
Con la caduta dell'Impero romano dopo il V secolo ci furono devastazioni ad opera dei barbari ed una successiva liberazione sotto i Bizantini, fino alla conquista longobarda del 641.
Con l'invasione da parte dei Longobardi di Rotari fece poi parte del Regno longobardo sotto il Ducato di Liguria, ma ebbe un espansione commerciale culturale e religiosa da parte dei monaci irlandesi dell'Ordine di San Colombano, che fecero della Liguria e della zona una base religiosa dopo Bobbio.
Dopo i Franchi la Liguria è divisa attorno al X secolo in tre zone dette marche: l'arduinica, l'aleramica e l'obertenga.
La tradizione la vuole distrutta dai Saraceni nel X secolo.
Nel 1100 divenne un feudo dei Vescovi di Albenga, che dovettero richiedere l'intervento genovese per controllare i fieri abitanti della zona e dalla fine del 1200 Oneglia entrò in possesso della potente famiglia Doria e qui nacque l'ammiraglio Andrea Doria. A Porto Maurizio si era insediato il Vicario della Riviera Occidentale, rappresentante del potere di Genova nel territorio da Savona a Ventimiglia, per controllare l'inquieto Ponente.
All'incirca nella zona sul mare vicina alla foce del torrente Impero, sorgeva fino all'Ottocento un castello di difesa eretto nel 1488 dalla famiglia Doria, ora scomparso. Il castello era parte della stessa cinta muraria della città ed aveva quattro torri ed un fossato, a somiglianza dei castra romani che sorgevano lungo i "valli" ossia le mura poste a difesa dei confini dell'impero).
Allora, la cinta muraria comprendeva una zona prospiciente il mare, estremamente stretta
Dai Doria, Oneglia fu ceduta nel alla fine del 1500 ad Emanuele Filiberto di Savoia e divenne "Civitas Fidelissima" della casata piemontese. Con Nizza fu per alcuni secoli il principale sbocco sul mare del Piemonte, pur circondata dalla Repubblica di Genova, anche se, per lavori continuamente rinviati, non riuscì a diventare il più importante porto del Regno. Solo verso la fine dell'800 sviluppò una discreta portualità mercantile e soprattutto il suo substrato industriale
Nel 1818, Oneglia insieme a Sanremo e Nizza diventa capoluogo di provincia della Divisione di Nizza mentre Porto Maurizio viene nominato Capoluogo di Mandamento.
Nel 1846 vi fu costruito un importante penitenziario di massima sicurezza, con vari bracci che si dipartivano dalla costruzione centrale, che occupava una grande area appena dietro l'abitato, non molto più piccola dell'intera città di Oneglia. La sua fama sinistra era tristemente famosa in tutto il Regno d'Italia. Il penitenziario fu smantellato dopo essere rimasto pesantemente danneggiato dai bombardamenti della seconda guerra mondiale.
Infine fu unificata nel 1923 ad altri comuni nel nuovo Comune di Imperia.
Tra i monumenti religiosi, si segnala la Collegiata di San Giovanni Battista, che sorge nel centro della città, è in stile tardo-barocco e risale al 1762.
Nella zona collinare è visitabile Villa Bianca, in stile liberty e che ha un padiglione delle feste e un giardino animato da una piscina attraversata da un piccolo ponte coperto che sovrasta giochi d'acqua.